Шмитт окончил лицей в Лионе, после чего поступил в Высшую нормальную школу в Париже. Там он получил титул доктора философии в 1986 году, защитив диссертацию на тему «Дидро и метафизика». Затем преподавал философию в течение трёх лет в Шербуре и в Шамбери. Эрик-Эммануэль вырос в семье интеллигенции (оба его родителя - школьные учителя физкультуры из Эльзаса) и считал себя агностиком. Позже он объявил себя христианином.
Свой первый сценарий Шмитт написал в 1991 году. «Ночь в Валони» была поставлена во Франции и за рубежом. Однако ещё большую популярность принёс ему второй спектакль «Посетитель», основанный на диалоге Зигмунда Фрейда и бога, за который он был награждён премией Мольера в 1993 году.
Темы его произведений весьма разнообразны: «Золотой Джо» показывает циничный взгляд на финансовых акул, «Загадочные вариации» (главную роль в котором сыграл Ален Делон) рассказывают о двух мужчинах с разными взглядами на жизнь и на любовь, которые, как оказывается позже, влюблены в одну и ту же женщину. В исторической комедии «Распутник» Шмитт повествует о французском философе Дидро, иронически рисуя его предтечей сексуальной революции ХХ века. В 2000 году это произведение было в вольной форме экранизировано французским режиссёром Габриэлем Агийоном.