Руфин родился в Бурже, в 1952 году. Единственный ребенок в семье, он воспитывался бабушкой и дедушкой, потому что его отец оставил семью, а мать работала в Париже. Дед Руфина, врач и член французского Сопротивления, во время Второй мировой войны был заключен на два года в немецком концентрационном лагере Бухенвальд. В 1977 году, после медицинской школы, Руфин отправился в Тунис в качестве врача-добровольца. Свою первую гуманитарную миссию он провел в Эритрее, где и встретился с Азеб, которая стала его второй женой. Также работал в Восточной Африке и Латинской Америке. В 1986 году он стал советником госсекретаря по правам человека и опубликовал свою первую книгу. Жан-Кристоф Руфин является президентом ACF и одним из основателей международной гуманитарной организации "Врачи без границ". Он был послом Франции в Сенегале с 2007 по июнь 2010 года.