באביב 2003 החל מכון ירושלים לחקר ישראל לבחון את ההשלכות העתידיות של גדר ההפרדה על ירושלים והמטרופולין סביבה. הנחת המוצא של המחקר הייתה שהקמת הגדר, שהיא הצעד הישראלי המשמעותי ביותר שנעשה בעיר מאז 1967 , תעצב מציאות גיאוגרפית חדשה עם השלכות מרחיקות לכת בתחום הפוליטי, החברתי, הכלכלי והפסיכולוגי-תודעתי.
לצורך המחקר הוקם צוות מיוחד של חוקרי המכון (ובו ישראל קמחי, ד"ר מאיה חושן, קובי מיכאל ואמנון רמון), שבחן את הנושא על היבטיו השונים. צוות החוקרים נפגש עם מומחים ישראלים ופלסטינים ובהם נציגי הממסד הביטחוני והמשטרתי בישראל, נציגי עיריית ירושלים, מתכננים ישראלים ופלסטינים, אנשי עסקים פלסטינים וגורמים פוליטיים משני הצדדים. המכון גם ארגן שני ימי עיון, בהם דנו מומחים ודוברים שונים בהשלכות של גדר ההפרדה על ירושלים ותושביה ועל עתיד התהליך המדיני.
הממצאים, המסקנות וההמלצות הראשוניות, רוכזו במסמך ראשוני זה, הרואה אור בעברית ובאנגלית בעת ובעונה אחת. מכון ירושלים נערך להמשך המחקר ועבודת השטח, במטרה לנסות ולמזער את הנזק שעלולה גדר ההפרדה לגרום לחיי התושבים בעיר (בעיקר במזרח-ירושלים), למטרופולין המקיפה אותה ולמעמדה של ירושלים כבירת ישראל וכעיר עולם, הקדושה לשלוש הדתות המונותיאיסטיות.
