הספר בית דין מכין ועונשין הוא מחקר יסודי, מקיף וסמכותי על הענישה הפלילית [פנולוגיה] בעם ישראל – תורתה ותולדותיה.

לספר שלושה חלקים:
בחלק הראשון, 'הפנולוגיה היהודית באספקלריה של תולדות המשפט הפלילי', מתוארים יסודות המשפט הפלילי הנוגעים לבעיות ענישה – הגדרת התחום; בעיות ענישה פלילית, מטרותיה וצידוקיה; האלמנטים של החטא ועונשו, כאב וייסורים. הטיפול בנושאים הנידונים בחלק זה הוא כללי, ומתוארת בו גם המערכות המשפטיות המקבילות בהיסטוריה היהודית: המשפט העברי הקלסי והמשפט העברי הפרגמטי.

בחלק השני, 'הפנולוגיה היהודית בראי הדורות', הרצאת הדברים היא כשל מחקר במדעי היהדות. מובאים מחקרים טקסטואליים, היסטוריים, אנתרופולוגיים והלכתיים בנושאים: עונש מוות, עונש מלקות, עונשי גוף אחרים, עונשים חברתיים ממוניים ודתיים, ויש בו סקירה מקיפה של חטאים ועונשיהם. המחקר מקיף את הפנולוגיה היהודית בתקופה העתיקה, בימי הביניים, ועד התפוררות הקהילות היהודיות על גיוונן הגאוגרפי ערב העידן המודרני, ודעיכת המשפט העברי בעקבותיה. מדיניות הענישה הפלילית של גדולי הפוסקים ההלכתיים מנותחת בחלק זה , ומוצג  עיון מרוכז בתאורטיקה של הפנולוגיה היהודית.

החלק השלישי, 'הפנולוגיה היהודית באספקלריה של הפוגע והנפגע', כולל שלושה נושאים: האחד הוא סקירה של רמת העבריינות בקהילות ישראל, השני דן בוויקטימולוגיה במשפט העברי, והנושא השלישי הוא מחקר מקיף על עין תחת עין (lex talionis) בהלכה ובתרבות המערבית.

תקציר באנגלית בסוף הספר.