את הבעיות המרכזיות המטרידות את האדם המתבונן והחושב בימינו צפה עגנון כבר לפני חמישים שנים. את מחשבותיו אודותיהן הוא צפן בסיפורים הירושלמיים שצרף מנשמתו. על כן, לטייל בירושלים עם ש"י עגנון משמעו לרדת אל חקרן של בעיות אלו וללבנן עימו. כי יותר משמצייר ש"י עגנון את ירושלים מציירת ירושלים את ש"י עגנון. לטייל בירושלים עם ש"י עגנון אין פירושו להתבונן בעיר בעיניו של עגנון, אלא להתבונן בלב הגותו של עגנון בעיניה של ירושלים. כי בתיאוריו את ירושלים, רומז עגנון לקורא לעלות עימו אל מעל למציאות הפשוטה, ודרך הפתח הנפתח להיכנס אל מעמקי ההוויה האנושית, האלוהית, העגנונית.
הספר מציע למטייל מסע מרתק בשלושה רבדים: מסע עם עגנון ברחובותיה של ירושלים, בלוויית סיפורים ופירושים, מפות ותמונות; היכרות עם סיפוריו העמוקים - "סיפורי הנשמה" - של ש"י עגנון; התבוננות מעמיקה בתורת ההגות והפילוסופיה העגנונית אודות אמונה ומודרנה, ציונות ומוסר, גאולה אישית וגאולה כללית.
מערכת מדעית: רפאל וייזר מלילה הלנר-אשד מרדכי רוטנברג