מערכת המשפט הצבאית בשטחים הכבושים שופטת מדי שנה אלפי אזרחים פלסטינים שצה"ל מעמיד לדין. בתי המשפט הצבאיים הקיימים זה ארבעה עשורים, פועלים בחשיכה כמעט מוחלטת. הדו"ח משפטים בחצר האחורית מספק לראשונה זה שנים רבות לציבור הישראלי והבינלאומי מידע על פעילותה של אחת המערכות המשמשות אבן בסיס לשלטון הישראלי בגדה המערבית. הדו"ח בוחן את מידת ההקפדה והמימוש של זכויות ההליך ההוגן של עצורים ונאשמים פלסטינים המובאים בפני בתי המשפט הצבאיים. הדו"ח בוחן, בין היתר, את מימוש זכותו של הנאשם לדעת במה הוא מואשם, את זכותו להכין הגנה יעילה, ליהנות מחזקת החפות ועוד. כמו כן, בודק הדו"ח כיצד מיושם עיקרון פומביות הדיון בבתי המשפט הצבאיים, את האופן שבו נשפטים במערכת זו קטינים ונושאים נוספים. הדו"ח בודק האם תחיקת הביטחון הנהוגה בשטחים הכבושים ממלאת אחר דרישות המשפט הבינלאומי בנוגע לזכויות ההליך ההוגן ובאמצעות מאות תצפיות מביא ממצאים לגבי הנעשה באולמות בתי המשפט עצמם.
ממצאי המחקר הנפרשים בדו"ח, חושפים שורת ליקויים וכשלים חמורים במימושן של זכויות ההליך ההוגן בבתי המשפט הצבאיים. על בסיס ממצאים אלה מציג "יש דין" המלצות לשינויי חקיקה ומדיניות.
יש דין – ארגון מתנדבים לזכויות אדם הוקם במארס 2005 ומאז פועלים מתנדביו לשיפור מבני וארוך טווח של מצב זכויות האדם בשטחים הכבושים. הארגון פועל באמצעות איסוף והפצה של מידע מהימן ועדכני בדבר פגיעות שיטתיות בזכויות האדם בשטחים; הפעלת לחץ ציבורי ומשפטי על רשויות המדינה להפסקתן; וכן בדרך של העלאת המודעות הציבורית להפרת זכויות האדם בשטחים. כדי לממש את מטרותיו ביעילות, פועל "יש דין" על פי מודל ייחודי בנוף ארגוני זכויות האדם בישראל: ארגון המופעל ומנוהל בידי מתנדבים, ונעזר על בסיס יום-יומי בצוות מקצועי של משפטנים, מומחים בתחום זכויות האדם ויועצי אסטרטגיה ותקשורת.
