כשלקוח של חנות הספרים מתאבד, מרגישה המוכרת החביבה עליו שעליה לפתור את התעלומה שהשאיר מאחוריו. כך נפתח הספר חצות בחנות הספרים.
לידיה סמית מסתתרת כל חייה. היא עובדת כמוכרת ספרים בחנות מנורת קריאה, מתחבאת בין הספרים האהובים עליה, הקולגות המוזרים שלה ו"צפרדעי-הספרים" – אותם לקוחות קבועים, בודדים ואבודים, המבלים את כל זמנם בעלעול בספרים בין מדפיה העמוסים של החנות.
כשג'ואי מולינה, "צפרדע-ספרים" צעיר ומקסים, מתאבד בקומה העליונה בחנות הספרים, מרגישה לידיה שחייה המסודרים נפרמים. לידיה, שהיתה תמיד מוכרת הספרים האהובה על ג'ואי, היא היורשת של חפציו המועטים; כמה חפצי נוי וספרים שהשאיר אחריו איש צעיר ואבוד. אבל כשלידיה מעלעלת בספריו, היא מוצאת שהם הושחתו באופן מוזר ובלתי מובן. הספרים חושפים את נפשו המסוכסכת של אדם צעיר. ונדמה שהם מכילים מסר חבוי. מה ג'ואי ידע? ואיך זה קשור ללידיה?
כשלידיה פותרת את המסתורין הסובב את התאבדותו של ג'ואי, היא חושפת גם זיכרון שקברה מזמן, זיכרון של אירוע אלים בילדותה. פרטים מאותו לילה איום מתחילים לחזור אליה. אביה המרוחק שב לחייה, כמו גם שוטר מקומי אובססיבי ו"איש הפטיש", רוצח מעברה של לידיה אשר, כפי שהיא מגלה, לא עזב באמת לעולם. חצות בחנות הספרים הוא רומן מסתורין המתאר היטב את עולמו האינטלקטואלי והאקסצנטרי של חוג האנשים בחנות הספרים ואשר יותיר אתכם במתח עד הרגע האחרון.