راز نیمه شب آخوندها رمانی جاسوسی است که با الهام از معضل گشت ارشاد، برنامه هسته ای جمهوری اسلامی و باورهای خرافی آخوندهای شیعه در باره امام زمان نوشته شده است و وقایع آن در پاکستان و ایران رخ می دهد.
زنی، با نام مستعار پرستو، به جورج مورگِن، افسر ۳۶ ساله سازمان سیای آمریکا و مسئول میز ایران در سفارت آمریکا در اسلام آباد، اطلاع می دهد که ژنرالی پاکستانی یک بمب اتم به ایران فروخته است. جورج به احمد شوکت، ژنرال باز نشسته اداره جاسوسی پاکستان، مشکوک می شود و او را می رباید و مورد بازجویی قرار می دهد. شوکت اعتراف می کند که قطعات یک بمب هسته ای را از زراد خانه هسته ای پاکستان دزدیده و در برابر دریافت پول و سکس به آیت الله همشهری فروخته است. شوکت مبتلا به سادیسم است و از شکنجه کردن زنها لذت می برد.
شوکت حاضر به همکاری با سیا می شود و جورج را به خانه آیت الله همشهری در اسلام آباد می برد و به عنوان دانشمند هسته ای کانادایی به همشهری معرفی می کند. جورج پرستو را در خانه همشهری ملاقات می کند و می فهمد که نامش نیکا است و در شانزده سالگی به اتهام بد حجابی توسط گشت ارشاد دستگیر و توسط آخوندها به فحشا کشانده شده است. جورج قبول می کند که برای آخوندها بمب هسته ای بسازد و با موافقت همشهری نیکا را صیغه می کند.
همشهری به یکی از همدستانش به نام جواد دستور می دهد که جورج را با اتومبیل به ایران ببرد. جواد، در راه، نیکا را به قاچاقچی های پاکستانی می فروشد اما جورج نیکا را نجات می دهد. نیکا هویت جورج را کشف می کند و قبول می کند که در ایران به او کمک کند. جورج هم قول می دهد که از نیکا حمایت خواهد کرد.
در ایران، جورج ، تحت ریاست آیت الله میثم، در مکانی سرّی در شمال تهران مشغول به کار می شود. در آنجا، با مهندس میثم آشنا می شود و در می یابد که میثم دچار ناتوانی جنسی است و همسرش می خواهد از او جدا بشود. جورج قرص های پرقدرتی را که دانشمندان سیا برای معالجه ناتوانی جنسی ساخته اند در اختیار میثم قرار می دهد و زندگی زناشوئی اش را نجات می دهد. میثم، در ازای دریافت این قرص ها، اطلاعات محرمانه ای در باره یک پایگاه موشکی زیر زمینی در اختیار جورج قرار می دهد. جورج پایگاه را منفجر می کند.
چندی بعد، آیت الله همشهری از پاکستان به تهران برمیگردد و نیکا را برای ارائه خدمات جنسی احضار می کند اما نیکا او و همدستانش را به قتل می رساند.
جورج، پس از ساختن بمب، می فهمد که آیت الله میثم می خواهد آن را در اسرائیل منفجر کند تا با ایجاد جنگ و هرج و مرج باعث ظهور امام زمان بشود. جورج و نیکا بمب را می دزدند و در تهران مخفی می شوند. نیروهای امنیتی مخفیگاه آنها را محاصره می کنند اما جورج و نیکا پس از ساقط کردن هلیکوپتری که بر فراز خانه شان در پرواز است موفق به فرار می شوند.
جورج در زیر آرامگاه خمینی یک مرکز بزرگ غنی سازی هسته ای کشف می کند اما بزودی توسط مأموران امنیتی جمهوری اسلامی دستگیر می شود. آیت الله میثم دستور کشتن جورج را صادر می کند اما نیکا با طپانچه ای که در زیر لباسش پنهان کرده است به مأموران شلیک می کند و جورج را نجات می دهد. در این میان، میثم بمب را فعال و آرامگاه خمینی و مرکز غنی سازی را ویران می کند.
