רוב רובו של המכלול הבנוי הנראה כיום במצדה הוא שרידי הבנייה של המלך הורדוס, ששלט בשנים 4-37 לפנה"ס. כעבור שני דורות בלבד או פחות, בשנת 73 או בשנת 74 לספירה, הותקפה מצדה ורוב מבניה נהרסו בידי פלביוס סילבה, מושל פרובינציית יהודה ומפקד הלגיון הרומאי העשירי. מה שלא הרסו הרומאים חוסל בידי מגיני מצדה עצמם בשלהי המצור.

מצדה היתה מאוכלסת כמעט מאתיים שנה. בזכות החפירות הנרחבות, בעיקר חפירותיו של יגאל ידין בשנים 1963-1965, המבקר במצדה כיום עשוי לפגוש שרידים משלוש תקופותיה: מצדה השלווה הנשמרת בידי כוח צבאי קטן המונה כעשרים חייל; מצדה בעת מגוריו של הורדוס במקום, כשמאות בני-אדם עסקו בה בפעילויות יומיומית; ומצדה של המורדים שביקשו בה מקלט מפני לגיונות רומא.