מרי לנוקס היא ילדה עשירה ומפנקת הגדלה בהודו ומטופלת על ידי משרתים. כשמגיפת כולרה לוקחת ממנה את שני הוריה, נשלחת מרי היתומה אל אחוזת דודה, מר קרייבן, במחוז יורקשייר שבאנגליה. הילדה הבודדה יוצאת לשוטט בין גני האחוזה הקודרת ומגלה במקרה מפתח ישן קבור באדמה. המפתח פותח דלת לא רק אל גן סודי וקסום שהוזנח בשמך שנים רבות, אלא גם אל לבה הסגור של מרי. היא מתידדת עם קולין, בן דודה החולני, ועם דיקון, ילד טבע מקומי שמדבר עם חיות, וביחד מפיחים שלושתם חיים בגן הנעלם ולומדים להכיר את כוחם המרפא של הטבע, של הידידות ושל כוח הרצון.
